孙承宗入阁的第一件是就是向朱由校递上了一份奏折，是阐述近两个月来协理三大营营务时发现的的弊端及到任后的整治措施。
骆思恭虽然是主政三大营营务，孙承宗是协理，但骆思恭心里明白，孙承宗比他更懂军事，何况他是帝师，内阁阁臣下来的，这么高级的官员早晚还会回到内阁，他们俩共事这么久，不仅友谊深厚，而且骆思恭十分的谦让孙承宗，他知道自己的才能不及他，所以，孙承宗一到任，他就躲到幕后落的逍遥自在，让孙承宗一人主管了三大营营务。孙承宗也不计较，全权整顿了营务。
在近两个月的时间，孙承宗雷厉风行，首先查实了兵员实额，惩治了一些贪将，视察兵营军械，将八名锦衣卫分配到兵营中，考查士兵，淘汰老弱之兵，补充青壮，修武备，整肃军纪，短短时间已经是焕然一新，目前新兵仍在招募中，主要招募对象集中在流落京畿附近的逃荒流民。
朱由校大加赞赏了孙承宗的治军之策，在流民中招募青壮入伍，一定程度上缓解了社会治安的压力，同时也打破了一种制度，那就是军籍的世袭制度，这样不仅可以招募青壮入伍提高了军队的战斗力，也逐渐为朱由校下一步的改革打开了一个缺口。
不过，让朱由校隐隐忧患起来，有流民就说明有天灾、有人祸，有农民没地种，吃不上饭才逃荒到京畿附近。
朱由校不禁感叹起来：国家离富强还有很远的道路要走啊！
朱由校只知道明军三大营是皇帝禁军，分别是五军营、三千营和神机营，至于具体事务就不得而知了。朱由校向孙承宗垂问三大营具体的区别，孙承宗一一道来，朱由校才算明白，三大营只是统称，五军营分为中军、左﹑右掖和左﹑右哨，还有掌随驾马队官军的十二营，掌操练上直叉刀手及京卫步队官军的围子手营，以及幼官舍人殚忠﹑效义诸营都属五军营；神机营，其下亦分中军、左﹑右掖、左﹑右哨。中军分设四司，掖﹑哨各分设三司，掌铳﹑炮等项火器，三千营均为骑兵，人数不多，不过四五千人。
朱由校听的一塌糊涂，倒不是因为营务复杂，而是这些番号听起来别扭，什么左右掖，幼官舍人殚忠﹑效义，记不住不说，听也听不懂。等孙承宗说完，朱由校不知下面到底分为多少个营，也不知人数多少，如何统计，于是大手一挥，改组京师三大营。三大营各设都统一人，副都统两人，五步营下设十二营，每营按照数字编号，其它各司一并裁撤，每营设满编万人，设万户、千户、百户统管，神机营、三千营按此例改制，三千营改为“骑兵营”，“三千营”即使骑兵部队，叫“三千营”听着太别扭。
另外成立宪兵营，负责三大营营务纠劾不法等事务，军中执法权一并归于宪兵营，宪兵营直属皇帝管辖。宪兵营由锦衣卫选派充任。三大营主政也不叫“总督京营戎政”，就叫“京营总督”。
朱由校的这次改组三大营，初步建立了具有现代军队编制的雏形，毕竟生活在前世的他对古代的军队编制很模糊，不如现代加古代相互融合的建制，技能起到改革的作用，也不至于让太多人的反对。最重要的是成立宪兵营，目的是加强军队的监督与执法权，形同军中锦衣卫，代行监军职责，以便牢固控制兵权，防止军官拥兵自重和军士不法，重要事务直接呈报皇帝，闲杂琐事由京营总督处理。
朱由校拟定完章程，交由孙承宗，命他与骆思恭一并处理，务必在半年内完成三大营的改组。
这是一场轰轰烈烈的军事改革，也是首次在禁军中改组，朱由校十分重视，再三叮嘱孙承宗要
孙承宗叩首领命，又言，军中军械不备，尤其神机营，“火枪”经改进远比原先的“鸟铳”好用的多，不仅射程远、精度高，而且是火镰扣击，比“火绳枪”更先进，在阴雨天气下不怕灭火，仍可发射，徐光启带来的“红夷大炮”也比铁炮威力大的多，只是“红夷大炮”数量太少，只有三十门，“火枪”一千支，弹药配备只够训练之用，战时不足，原先拨给赵忠南的三十万两已经花完，希望皇上能拨款打造大炮和制造火枪弹药。
朱由校听到孙承宗的汇报，也黯然心忧起来，早在他登基的时候就想到将这些新式武器快点装备部队，尤其是神机营，这是火器部队，在当今世界算是武装最先进的部队了。朱由校是一百个心思想将这些最先进的武器装备起来，只是当前国库没钱，就万历皇帝留下的那点内库的几百万两银子，登基短短四个月就花去了一半，还免去全国一年的赋税，现在能征收上来的只有可怜巴巴的商税，可商税太低了，一年不过十几万两，根本可以忽略不计！这种形势下哪还敢乱花钱？！就这么点压箱底的钱他是真舍不得花。可三大营已经重整，需要的经费绝对少不了，新式武器造价又这么贵，朱由校真是巧妇难为无米之炊啊！
军队没武器就是一群有蛮力的打手，只有有了武器才是军队。朱由校犹豫许久，在看看眼巴巴渴望他给个答复的孙承宗，朱由校一狠心，得！再穷不能穷军队！一拍桌子，咬着牙道：“着户部拨给二十万两，内库再拨二十万两，用于三大营改制，制造新式火炮、再打造一批火枪，配备充足弹药，加强士兵训练。”
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