上海特区成立后，虽然大量的大唐货物从大洋彼岸被运送到这里，可是由于江南地区处于萨载的控制下，萨载禁止江南商人私下接触大唐商人，从上海购买大唐商货在江南进行贩售，这无疑是唐人所不能接受的事情。
不过白南还是将嘉庆和他的朝廷摆在了前面，作为对付萨载的工具。嘉庆在1780年四月下诏，命令萨载回京，并增加了一个从一品位的殿阁学士，作为安置萨载的位子。同时嘉庆任命纪昀作为正二品的江苏巡抚，其余江南省份也都安排了新的巡抚。
萨载在回复的奏章中，再次“婉拒”了嘉庆的任命，托称江南并不平静，事务繁忙，他这个总督一时走不开。
在第二张下给萨载的奏章中，嘉庆的口气就变得严厉起来，称萨载不尊皇命，自行其是，为大大的忤逆之行，不是忠臣应该做的事情，嘉庆甚至还搞了最后通牒，要求萨载在一个月内启程赶往京城，不然就对他革官。
而萨载被逼到这个份上，也终于图穷匕见。萨载明言，朝廷现在为奸佞所占，皇上的视听被蒙蔽，外有恶敌，时局实乃极其危险的状态，萨载一颗忠心可鉴日月，在此关头即便违抗皇命也在所不惜，只望能够清君侧、救大清。
即便萨载不敢直言皇帝之非，但是他也以皇上身边有小人这样经典的借口，正式地跟朝廷划清了界限，公然作对。萨载还将这封直谏，张贴在了江南各大州府县城，他幕中极有文采的文胆为他书成这直谏表，当真也是情真意切，把自己塑造成一个大大的忠臣。而且他在直谏表中，痛陈朝廷新政之非，认为荒腔走板，背祖宗章法和圣人道统，并且表明了自己的立场，即维持大清就有体制，恢复八旗，沿用旧体制，仍旧八股取士等。
不得不说，萨载的这番举动，还是得到了江南许多保守势力的欢迎，尤其是一大部分读书人，都认为朝廷的新政是恶政，皇帝身边有小人。很多江南士人都因此投入萨载的怀抱中，为其效力，也让萨载觉得自己深得民心，力量大增。
嘉庆在得知这一情况后，怒不可遏。在通过唐人的情报组织获得了一批投靠萨载的士子名单之后，嘉庆把这些人的名字昭告天下，并且声称要在他们的家乡竖立起一块“乱臣贼子碑”，把他们的名字都刻上去，供人世代唾弃。
这样极端的举动确实吓住了一批人，不过也把那些已经投靠萨载的人推得更远了。
随后，嘉庆宣布，派遣武卫军第三师前往江南，并联合在上海的唐军，对萨载展开军事行动。朝廷一出兵，便使得江南风起云涌，顿时江南便有不稳的迹象。虽然江南一些豪门富户都不怎么待见朝廷新政，也不喜欢唐人，可是唐军能打是确凿无疑的，要不然也不会连续打败了十几万的清军。江南的兵力加起来也不过几万人，而且谈不上什么厉害的战斗力。虽然萨载招募了一些民团，但这些民团训练不扎实，甚至很多都没有真正的武器。而反观唐人和武卫军一方，都装备了犀利的火器。京师事变之后，天下人都隐约明白了一个道理，那就是拼刀枪已经过时了，厉害的火枪大炮才是决定战争胜负的关键。
就算萨载手里有一部分火铳手，但是对比唐军和武卫军那是分明不够看的。绝大多数人都不看好萨载的前途，很多原本对萨载也有所支持的江南豪族也都变成了观望状态。
而许多江南人甚至害怕战火累及自身，连夜逃到了别的地方。萨载势力主要集中在江苏，很多人便逃亡江西、安徽等地。有些人甚至觉得还不够安全，直接跑到了两湖荆楚一带。
萨载也没想到，朝廷居然这么快就下定了决心除掉自己。除了感到害怕之外，萨载也发了狠，他下令将自己这些时间招募起来的民团都集中起来，并执行坚壁清野的计划，准备采取焦土战术，要拼着毁掉半个江南，来阻碍唐军和武卫军战斗的决心。
只是，在武卫军过境山东进入江苏的时候，一个噩耗率先给了萨载一记重击。徐州镇举镇向朝廷投诚，表明立场，不再为萨载效力。而徐州镇的倒戈也仅仅是个开始，紧接着是寿春镇、瓜州镇、湖口镇，诸多绿营兵都在最后的关头脱离了两江总督的管理，驱逐了两江总督派来的官员，宣布忠于朝廷。
一方面，嘉庆喊出谁要跟朝廷作对，就是乱臣贼子，要给他们著书立传，还要在他们家乡立碑，最后连祖坟都要给他们挖开，统统诛九族。不少绿营兵将的家人可都不在自己的驻防地，而在朝廷控制的地区。如果明着跟着萨载对抗朝廷，赢不赢先放一边，自己的家人恐怕就要直接被砍头了。
另一方面，绿营显然对自己的战斗力不看好。武卫军虽然初立，但已经在山东、山西和河南取得了战绩，表现出了不小的战斗力。跟他们硬拼显然胜利机会渺茫。如果这时候投降，显然朝廷不会硬是驱动他们去对付萨载，那么这样就等于避免了一场战斗，大家都能保住性命，这可比什么都重要。
所以在关键时刻，萨载能够依靠，只有自己忽悠住的江南八旗的人马以及临时拼凑起来的民团了。
慌了手脚的萨载有些风声鹤唳，对于自己的身边甚至都无法信任了。萨载开始对江宁城内进行大规模的清洗行动，他命令忠于自己的民团，开始大索全城，任何被认为是危险分子的人都被杀戮，甚至很多满城之内不想打仗，希望跟朝廷讲和的满人也都死在了萨载的屠刀之下。
萨载终究不算是什么有才能的军事家，更不是什么政治家，所以在面对危机的时候，只能不断地做出错误的决策。江宁城一夜之间数千人被杀，变得一片萧杀和恐怖。本来对于萨载没有什么特殊感情的江南人反而对他痛恨起来。
不过，令人吃惊的是，以儒家理学道德观，桑梓同乡情谊，被书生们统领的地方民团们，却仍旧团结如一，坚定地反对朝廷。最后的关头中，萨载和这一群保守势力抱团取暖，但命运仍旧飘摇。
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