面对这样的局面，第二年11月沈葆桢提出，在闽浙总督名下设立“福建巡抚”，“冬春驻台湾，夏秋驻福州”。1876年春新任巡抚丁日昌无法按期驻台湾，奏请朝廷另派重臣常驻台湾，改设“台湾巡抚”，这样实行3年的“冬春驻台”改为台湾单设巡抚。
但是在这件事情上满清再次显示了他们的腐败无能，在帝国主义的威胁下和自己内部的扯皮下， 直到1884年6月，清朝才派出直隶提督刘铭传加封巡抚衔，督办台湾政务和防务。刘铭传到任不久，正逢中法战争爆发，从总体上看军事上没有失败的中国，在政治上再次惨败，面对危机，加强台湾防务尤为必要。闽浙总督杨昌浚、钦差大臣督办福建军务左宗棠，于7月再次上书，要求在福建台湾两地“巡抚分驻”、“建省分治”。光绪11年（1885年）10月12日，垂帘听政的慈禧太后，在下旨创建海军的同时，下旨同意诏请左宗棠的奏请，福建政务由闽浙总督兼管，将福建巡抚改为台湾巡抚，正式下诏在台湾建省。到1888年正式实现闽台分治，台湾单独设省，由原来的2府8县4厅增为3府11县4厅1直隶州，后又增设南雅厅。
但是好景不长，腐败无能的满清在甲午海战中再次战败，屈辱的签订了丧权辱国的马关条约。在签约之前，满清朝廷中的汉臣是不赞同的割地的，当时的北洋大臣李鸿章表示，不能够承担割地的责任，更何况连日本人要的赔款现在都无法凑齐。光绪帝的老师翁同騄这些一向和李鸿章唱反调的人也说，宁可多赔款，也不可割地一寸。但是这个时候满清的真正的统治阶层，那些满人们却再次显示了他们的无能和卑劣，向前几次力主向沙俄以割地赔款来保住他们的荣华富贵一样，以恭亲王奕訢为首的一干大臣则强烈要求割地来换取日本退兵。
最终于4月17日被迫签订丧权辱国的《马关条约》，把台湾割让给日本。当时消息传出后，举国同愤，反对割台；台湾全省“哭声震天”，鸣锣罢市。协理台湾军务的清军将领刘永福等率军民反抗日本的侵占，坚持了5个多月的战斗，历经大小百余仗，使日本侵略者付出了惨重的代价，但因为满清上层贵族根本不敢援助，对于台湾人民的反抗予以漠视，这场抗争终遭失败。从此，台湾沦为日本的殖民地近50年之久。”
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