清顺治五年(1648年)三月，南京参政院正式成立，各省推举三十人，南京十五人，自荐的有二十三人，而受邀请的有十七人，共计二百三十五人，第一任议长由黄宗羲出任，吴甡、史可法、顾炎武等人都被选为第一任执委。
在参政院成立的同时，南京政府又做出了一些新的措施，主要是有三项大型工程项目上马。
首先是商毅下令，在南京附近，修建第二座兵工厂。
在商家军正式更名中华军，分成两个军部，五个大军区，军队的人数也扩充了三成左右，而且前期的部队使用的各种兵器，也有近一半需要进行更新，而目前南京政府一共有两座兵工厂，一座在杭州，一座在山东。山东兵工厂只能供应山东战区的武器，其余的四个战区，包括海军部的武器，全部都由杭州兵工厂制造供应，但现在的生产速度，己经明显跟不上军队的扩张了。
另外海军部现在也己经完全成为一支独立的作战力量，还拥有两个海外基地，并且还在近一步的扩张，造船的迅速也在加快中，而海军使用的枪炮武器，和陆军也有一定的差异，一般来说，由于船上的空间有限，舰炮的长度最大不能超过两.五米，而且火枪也是尽量以短小为主，因此海军的武器，也有必须和陆军区分开。
因此再建第二座兵工厂，也是迫在眉睫的事情。而且新的兵工厂的选址己经确定好了，就在南京城东北约十五里的八掛洲上。
八掛洲是长江下游的一个江洲，面积约为五十平方公里，大体呈一个扇形，仅次于崇明岛和扬中岛，是长江中的第三大江洲。而且目前还没有人在洲上定居，因为八掛洲是一个江心岛，可以保证安全和隐密，同时又可以利用长江水道，运入铁矿物资，运出造好的武器成品，确实是一个建造兵工厂的理想地点。
为此商毅也专程将兵工厂的厂长孙和鼎从杭州请到南京来，商议在八掛洲上建新兵工厂的事情。
按照商毅的计划，这个兵工厂的规模，应该是杭州兵工厂的三倍以上。当然杭州兵工厂一共花了两年多的时间才全部建成，因此这个兵工厂商毅估计需要五到六年甚致是更长的时间，才能完全建成。也许等到了那个时候，己经完全击败了清廷，但这个兵工厂同样可以用来供应整个南方驻守军队的武器。而杭州的兵工厂将逐渐转型，慢慢改为主要生产海军的武器，使陆军、海军的武器更加支业，也更符合各自的特点。
现在孙和鼎虽然还只是杭州兵工厂的厂长，但在行政级别上，挂了一个工业部副部长的官职，大约才相当于明朝的工部待郎，职位可不小，当然实际还是在管理兵工厂的运营工作，孙和鼎对现在的况态也非常满意，根据商攲提供的图纸和思路，又制造出几种新式的武器，这次也都带到了南京。
不过首先当然还是新兵工厂的事情,孙和鼎对此也十分支持,因为这个兵工厂的规模更大,成就感也更高,因此在和商毅进行了一番简单的勾通之后,孙和鼎也马上亲自赶到人掛岛,去甚测地形,构思建厂的方案等等。
第二个项目，则是和兵工厂紧密相关，就是造船厂。商毅打算重新恢复龙山船厂。
在清军占领南京期时，龙山船厂被当作清军的水军基地使用，当时商家军的长江舰队也多次向龙山船厂发动过进攻，将龙山船厂毁坏了不少。商毅收复了南京之后，龙山船厂也修复了一部份地区，现在当长江舰队的基地使用。
龙山船厂在永乐年间，占地达一千余亩，约合六、七平方公里，一共有七个作塘（即船坞），郑和七下西洋所用的大宝船全部都是在龙山船厂里建造的。
虽然到了明朝的中晚期，龙山船厂己经不造千料以上的大船，而且船厂的面积己不足全盛期的一半，但这里毕竟是造大宝船的地方，虽然后世对大宝船的尺寸一直存在着争议，包括现在这个时代，也己经无法考证最大的宝船到底有多大了，但两千料左右，排水量约在一千到一千二百吨的大宝船，是确实存在的。因此是十分少有的能够在江河中制造大型风帆船的地段，商毅当然不会放过。
而且现在长江中下游己经成为商毅的内河，同时也是南京政府的重要航道，但长江上游就是四川的吴三桂，因此保持长江的水面优势，也是致关重要的事情。而现在伏波军的战船，基本都是按海战标准设计的，并不是很适合在长江中作战，因此也需要制造一批专门适用了江河作战的战船，当然也就需要在长江沿岸再建造一个新的造船厂。
龙山船厂的位置江汊纵横、地势开阔，直通长江，虽然在战争期间遭到了比较严重的破坏，但基础尚在，由其是七个作塘，还保留三个完好，可以照常使用，另外还有两个只是年久未用，泥汐淤积，也只用稍做修善，也就可以使用。这样好的地利条件，确实是不可多得，如果不善加利用，确实是太可惜了。
因此重新启动龙山船厂，是完全有必要的，在商毅的计划中，建成以后的龙山船厂，不仅可以建造江船，同时还能建造一部份海船，并且依然兼居有水军基地的作用，驻扎在这里的水军，可以十分有效的南京段江面。
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