从苏州刚回到杭州，商毅就收到江北的消息，清军正在从安庆、庐州、凤阳等江淮的各地区进行大规模撤退。
本来这是一件好事，清军主动撤出江淮地区，也省了自已许多事，但清军并不是一次单纯的退军，而是一次破坏性的撤军。
这种做法在过去清军也经常做，在清廷未入关之前，一共发动过五次对明朝的进攻，毎次都深入明朝境内，大肆烧杀抢掠，而在撤退的时候，不仅会虏走大量的人口，还会毁尽所过的一切城地，带不走的人口则全部杀光。不过这一次清军改变了过去撤军屠城的做法，在毎撤离一个城市之前，清军会首先将百姓手里的粮食、银钱尽量全部收走，然后将百姓全驱逐出城，然后放火将全城烧光，但却并没有屠杀百姓。
不过没有屠杀百姓，并不表示清廷变得仁慈了，而是在学习商毅的做法。商毅在突袭辽东的时候，也是釆用的这种做法，毁城留民，结果在辽东地区造成了大量的难民。也使商家军撤军之后，清廷仍然不得不在辽东驻守大量军队，以防难民变成暴动。而现在清军在江淮地区，也来了一个以其人之道，还治其人之身。也在江淮地区制造出大量的难民来，目地就是为了牵制商毅的精力。
在收复了湖北之后，商毅也曾想过，清廷有可能会放弃江淮之地，把人马都撤到淮北去，但最终认为这种可能性并不大。“不计较一城一地的得失”这句话说起来虽然轻松，但做起来却不是那么容易，主要撤地，不仅会大伤军心士气，而且也会在本国承受巨大的舆论压力，商毅当初敢放弃南京，那是因为当时南京本来也不是自己的地方，而到了后来南京失守，商毅可不敢放弃任何一块浙江的地区了。因此商毅也并不认为，多尔衮敢有这么大的气魄。
但现在看来，商毅的判断显然是出现了错误，事情并没有绝对，清廷偏偏就放弃了江淮，而且还是最极端的做法，毁城留人，制造难民。因此商毅也不禁苦笑了起来，真是应了那一句话，出来混，都是要还的。不过商毅还是有些纳闷，难到多尔衮真的就不怕承担这个后果吗？
但就像清廷不可能放任辽东不管一样，商毅对江淮地区本来也是志在必得，因此同样也不能不管，明知是一块烫手山芋，也不能不拾起来，收拾清军就下的乱摊子。尽管江淮地区离浙江很近，商毅手头上还有相当的存粮，只要是救济得极时，还是可以稳定住江淮地区的局面的，但也至少花四五个月的时间。
而且江淮地区包括安庆、庐州、凤阳、淮安四府，历来都中国的人口稠密地区，在万历年间，总计人口达二百七十余万，虽然现在几经战乱，大约只剩不足一半，但也不是一个小数字，足以耗光目前商毅存余的粮食物资，也就是说，就算把江淮地区稳定下来，至少在今年，商毅基本是不可能发动五万人规模以上的战争了。而等到明年的时侯，清军估计也能够缓过了这口气来。因此也不得不说，清军的这一计用得确实很高明。
不过事情己经发生了，后悔牢骚都没有用，只能去积极面对现实，好在也算是把江淮地区得到自己手里了，并非是一无所获。因此商毅下令，第一军立刻向江淮地区进军，驻守扬州的部队马上进驻凤阳府；驻守和州、滁州的部队进军庐州府；驻守江南的部队进驻安庆府，一面接管地方，维护治安，稳定住百姓，一面追击清军，将清军的破坏活动降到最低。
同时又命周少桓领第四军立刻占领淮安府，然后向徐州地区发动进攻，迫使清军收缩兵力，尽快撤军。而湖北军区也由黄州府跨过大别山，向河南府的汝宁州地区发动进攻，也是牵制清军的兵力。
随后又命行政司立刻安排人手，分别向江淮地区运去大量的粮食、盐、帐蓬等生活必用品，以免引起难民暴动，但对己经发动暴动的难民，则要给予坚决时打击，绝不能手软。如果人手不足，就从湖南、江西地区抽调一部份军队。
周士奇、王夫之等人也深知流民的危险性，一但处理得不好，就容易引发大规模的农民起义，说起来明朝其实就是毁在流民，因此也都不敢怠慢，立刻开始布置起来。
一直到一个月之后，商毅连续收到了北京发回来的情报消息，才知道这次清军的江淮大撤退，其实是有着非常复杂的政治斗争背景的。
原来丢失了湖北之后，济尓哈朗退守到南阳，这个时候他己经完全明白，自己根本不是商家军的对手，湖北、江淮本来就是守不住的地区，自已被派南下督师，根本就是自找罪受，反到是替多尔衮承任了这次失败的罪名。因此济尔哈朗也是又气又恨，但心里也明白，自己想借南征惨败来扳到多尔衮的计划，己经彻底失败，在连失湖北、江淮之后，自己想取代多尔衮是根本就不可能的事。于是也主动上奏朝廷，为自己这次失败请罪，并表示自己愿意退归林下，永不问事。其实就是向多尔衮认输了。
等济尓哈朗的请罪奏章送到北京时，多尔衮还在称病不住，仍然是由代善代理摄政王事，而回给济尔哈朗的旨意中，并没有批准济尔哈朗的请辞，只是将他责备了一番，但命他立刻开始布置守卫江淮。不过在圣旨的最后，说得十分含糊，只说江淮之地，可守则守，不可守弃，一切可以便易行事。
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