清军的火船将商家军的先锋船队冲乱之后，继续顺着江水，向商家军后面的三支舰队逼进了过去。
清军一共出动了五十多组连环船，己经点燃的超过了四十组，而先锋舰队的大部份战船都被清军的火船撞上，蔓延上了火焰，燃烧起来，只有四五条船依靠着出色的操船技术，加上一点运气，才避开了火船的袭击。而且就这样，还有一暧驱逐舰和一艘护卫船因为躲避火船，结果在靠近江滩边的地方搁浅了。
而这火船撞上的其他战船中，有一部份虽然蔓延上火势，但却及时摆脱了火船，一面向安全的地方撤离，一面扑打着船上的大火。但至少有十余艘战船或者因为被火船缠住，或者因为火势太大，而无法扑救，同时因为火势一直蔓延到甲板下，火药仓里，引发了一连串大爆炸，船上幸存的士兵也只能弃船跳江逃亡。
不过有一些火船在燃烧之后，铁锁断裂，分散开来，也有一部份火船遭到商家军战船的近距离炮击，或者是受爆烂的冲击，被打得散了架，但因为都是木质结果，因此还能够一边燃烧着一边在江面上飘浮，并且顺着江流，向下游飘流。不少火船冲过了先锋舰队之后，立刻就顺着江流，直奔后面的船队而去。
商家军后面的三支船队和先锋船队的距离并不远，几乎沒有多少时间做出反击，就和火船迎头相遇。面对着这样大面积大范围的火船进攻，除了躲闪和撤退之后，基本上没有别的办法，因为火船并不害怕受到攻击。如果是在大海上，还可以利用海面的无限宽度，充分散开，以躲避火船，但在长江里，回旋的空间实在有限。因此在这种情况下，黄震也只能下令，各船暂时撤退，先躲开火船再说。
而在商家军的后队中，只有少数前列的战船因为没有转向的时间，只能迎着火船而上，在火船阵里来回的穿棱变向躲闪，再来慢慢寻找转向的时机，而后面的绝大多数多战船都立刻选择了调头、撤退。
但也不是每一艘船都能选择好转向的时机，或者说也不容他们有充足的时机来从容转向，有时候只能冒一冒险了，因此在调头的过程中，又有不少战船被火船撞上，缠住，结果被火势蔓延燃烧了起来。就连黄震乘坐的旗舰天权号，也在转向的时候，被火船撞了两下。好在是天权号的体形庞大，而且撞上天权号的，并不是连环船，才极时摆脱，没有被火船缠住。终于调转过头来，向下游退去。
而在江面上几乎布满了燃烧着得战船，残骸、以及碎裂的板块，烧燋了的，还在冒着浓厚的烟雾，星星点点，不计其数。还有无数弃船跳江的士兵，在汹涌的江水中奋力挣扎着。
幸好是天威号向清军的后续船队发动的冲锋，以一己之力，把清军后续的百余战船搅得一团混乱，在无意之间，延缓清军后续船队跟进上来的速度，也为商家军的其他穿突过火船攻击的其他战船赢得一线宝贵的时间。
在天威号从清军的后续船队中杀了出来，开始向下游撤退的过程中，有十佘艘商家军的其他战船都穿过了火船，正在准备调头回撤。而何滨也立刻下令，向他们打出旗语，把这些战船都聚陇过来，组成好编队，大家一齐掩护撤退。因为天威号是长江舰队中仅有的两艘巡洋舰之一，在另一艘巡洋舰天权号己经撤离的情况下，其他的战船自然都是以天威号为核心。
而且在舰队撤退的过程中，还救起许多落水救生的士兵。只是有几艘在江滩也搁浅的战船，现在也没空把它们都拉回到江中，何滨也只得下令让这些战船上的士兵弃船，乘坐救生船逃离。靠近江北岸的，可以先上岸躲避，因为北岸是扬州府，这是商家军的地盘，但长江南岸是镇江府，因此靠南的士兵只能尽力向大船靠陇过来，跟着大船一起撤退。不过在弃船的时候，有几艘船上的士兵还是点燃了火药库，将空船炸毁。
等清军的战船重新整好了队形之后，商家军的战船，连同火船早己经跑远了。因为这时商家军的战船也是顺水，清军很难追上。而且火船现在也都烧得差不多了，再追下去，就进入了商家军控制的长江段，如果商家军再回头进攻，恐怕也不好对付，因此洪承畴也没有下令追赶。
不过刚才商家军一艘战船就把清军一百多艘战船搅了一个天翻地覆，清军都觉得脸上无光，因此也都有些提不起精神来。而洪承畴也都看在眼里，也从座椅上站了起来，笑道：“各位看见没有，商家军的水军己经被我们打败了，逃走了，我们已经获胜了。”
他身边的一个家人洪保十分机灵，立刻接话道：“大帅南下第一战，就大败商家军的水师，可喜可贺，此番南下督军，进取浙江，扫平南方，也是指曰可待了。”
洪保这么一说，洪承畴身边的水军统领刘梦蛟也赶忙道：“大帅神机秒算，大破商家军的水师，我等都佩服之极。”
有一员将立刻振臂高呼道：“我们打蠃了。打赢了。”
其他的士兵们听了，也都一起欢呼起来，虽然被天威号闹了一个灰头灰脸，但商家军确实是败走了,而且大多数清军也都看见了,自己的火船确实给商家军造成了很大的打击，看来确实是胜利了，因此欢呼的人也越来越多，都在庆贺这一场水战的胜利。
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