首先开通新河道，将夺淮的黄河引开北上。同时将高家堰加高、加宽，蓄积淮水，再从洪泽湖西南部出湖，利用黄河的旧河道入海，将旧河道刷出来。
当旧河道刷出来一部分后，截断淮河进入长江的通道，将淮河水全部引入洪泽湖，扩宽洪泽湖西南清水口，加大刷河力度。
当黄河新河道二三十年后逐渐淤积时，将关闭黄河河闸，新修堤坝，将黄河导入洪泽湖，引入已经冲刷完成的淮河（老黄河）之中；同时再打开洪泽湖东北部大水闸或直接破开堤坝，用新修的堤坝将进入洪泽湖的淮水导入“新黄河”中，冲刷已经淤积的新黄河。
如此交替利用两条河道，一清一浊反复，一方面解决了黄淮河合流后，汛期洪水倒灌，洪泽湖清口的淤积问题；另一方面，交替使用两条河道，使黄河淤积这一千古难题得到根本性的解决。最后，因为洪泽湖有了两条出水口，将大大缓解祖陵的压力。
这一方案唯一短板在于黄河入洪泽湖期间，将导致洪泽湖出现淤塞，枢纽失灵。但是潘季驯判断，因为淮河位置较低，当再次重新改换河道后，洪泽湖内淤积的泥沙将被冲下去大部分，不会成为大患——为了百年之计，可在洪泽湖外留下一部分土地不予开发，充当泄洪区备用；也可在旱季进行洪泽湖的疏浚清淤工程，扩大库容。
这个方案若能成功，将一箭多雕，同时满足皇帝既保祖陵、又保运河，还保民生的要求。而且，利用这全国性的大工程及周边的配套水利工程，将使常年受灾的两淮和黄河流域成为粮米之乡——真正的功在千秋。
张居正当时看了潘季驯上交的第三份报告所耗费的钱粮、工役，猛吸凉气，二话没说，直接判第三份报告死刑。但朱翊钧见之，心里大为惊喜。
新中国建国后，治理黄、淮河采用的方式和潘季驯第三方案只有一小部分类似，最大的区别是没有彻底改变淮河仍为长江支流的状态，而且也当时黄河也改道了，因此治理两河均属于单流域治理。至于黄河的淤积问题，到了新世纪其实已经不用解决，因为黄河下游基本上快断流了。
这一方案，后续效果将非常的鼓舞人心：一方面将三河联动，一涝皆涝的水域状态打破，利用黄、淮河单独入海的方式，一次性解决黄淮河争流问题和长江下游水量过大问题。此后，黄河、长江、淮河三条主要河流的防洪和治理以后就成为单流域问题。
第二方面，两河利用洪泽湖及周边连串湖泊作为枢纽，轮流使用“束水攻沙”治理黄河的方略，将使黄河淤积危害的问题得到有效控制。
第三方面，两河齐出，洪泽湖蓄水压力减小，也保了明祖陵——当然，要想一劳永逸，朱翊钧打算，将来在时机成熟后还是要将祖陵迁走。
最后，这一核心工程加上配套的相关水利设施，将改变常年受灾的黄淮地区浊浪滔天，泥沙俱下的景象，把整个淮河流域、黄河流域都变成鱼米之乡！虽不能一劳永逸，但至少将黄、淮河连年决口并影响长江下游的问题解决一大半——除了工程量大，没别的毛病。
朱翊钧判断，这份方案虽然所动用的人力物力极其惊人，但是在此时确实有实现的可能：
新中国治理淮河时，淮河周边已经大小城市密布，根本迁移不得，因此采用了上游建坝，下游分流的方法，主流还是注入长江。
但在本时空的此际，一者由于黄淮河的常年泛滥，黄淮平原一直到苏北地区一直没有形成大规模的聚居城镇，大部分地区都是沼泽和田地，移民压力不是很恐怖，在承受范围之内；
二者朝廷现在有一大笔钱，可以启动这项工程；
三者大规模开发东北将形成一个人口压力降低的短暂窗口期，等东北开发成熟了，人口压力还会上行增大，那时候移民将更加困难。
因此，朱翊钧在通盘考虑了潘季驯的第三方案后，觉得这次黄河故道的修复，很可能是改变中华民族常年水患的一次千载难逢的机会！
再说，张居正不敢想的事情，朱翊钧作为穿越者，还不敢想一想？
万历二年年底，潘季驯结束了全国各流域的考察，到京师述职。在朱翊钧主导下，秉承着边施工边完善方案的原则，在万历三年先进行准备工程。
因此，这第三方案一直秘而不宣，万历三年全国干的的热火朝天的，其实是第二、第三方案都要干的初期工程和农田水利基础工程。
直到河漕改海时潘季驯被攻击时，朝廷才公布出来一部分，主要是加高、加宽高家堰工程——尚不足第三方案总工程量的十分之一。
即便如此，也把集火潘季驯的反海运派压制到无语。
本时空的万历三年年底，随着河漕改海在朝野上下达成共识，加上黄河在今年再次大泛滥，终于让本时空的朝廷痛定思痛。朱翊钧先说服内阁，后又推动朝廷通过了第三方案，拟第一期即投入一千二百万两白银，并陆续追加到总金额三千万两，以二十年为期，完成全部以新黄河入海通道为核心的全流域治水工程！
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