有明一朝的京察既分北察南察，又分四品以上自陈、五品以下堂审两类。也就是说，对于不同品级的官员，其考察方式亦有差别。故时人称：“大臣与小臣不同，出处进退自有法度”。
而这一法度，即是“四品以上及翰林院学士，例该自陈；其余各衙门堂上五品及所属五品以下等官，合照节年事例，本部会同都察院并该衙门堂上官考察，分别奏请定夺”。
四品以上官员及翰林学士，通过向皇帝上呈自陈疏，静候皇帝的宸断的形式来完成京察程序；而五品以下的官员则由吏部与都察院共同举行堂审，予以考察。
杨巍所主北察、海瑞所主南察，本质上是对于南北二京所管诸布政司(省)的五品以下官员进行“去留考察”，之所以王锡爵会担心海瑞，并不是担心海瑞直接把他本人如何如何了，而是担心牵连。
此前多次说过，明代官场的特色，既有师生关系，又有乡党关系，到了如今甚至还有派别关系。王锡爵作为心学派的台柱之一，许多门生安排在南京所管的衙门那是再正常不过了。
如果王锡爵的门生在京察中大量被黜落，势必会引起朝野关注。而到了这一步，实学派方面十有八九便会趁热打铁，开始猛烈弹劾王锡爵本人，那么事情就一发不可收拾了。
不过对于五品以下官员的考察一贯比较复杂，还有许多流程要走，此时暂不详述。且说最为便捷的“大臣”自陈，尤其是北察自陈引发的此番丁亥京察第一场“战斗”。
所谓自陈，即“两京官员每遇六年一考察，四品以上皆令自陈(不职)。举职业者留之，不职者退之”。
所有官员的自陈，皆“不下部覆，竟禀上裁”，即采用官员直接向皇帝上呈自陈疏的方式来进行。
自陈有一定之顺序，掌察官员于堂审前自陈，按“先本部、都察院正堂，次左、右堂”的顺序进行。而其他官员多在堂审结束之后方行自陈，即所谓“考察后自陈，例先内阁，次各衙门二品堂上官，次三品、次四品”。
但这里必须要说，规定是规定，而实际上自万历期开始，明代部分内阁学士等大臣并不严格遵循“考察后自陈”之规定，而是在考察之前即己呈上自陈疏。
如原历史的万历二十一年二月京察，早在正月二十三日，内阁辅臣王锡爵就呈上了自陈疏。又如天启三年二月京察，内阁辅臣叶向高更是早在正月初八便呈上了自陈疏。
而今年尤其不同，往常大多与二月进行的京察因为西北之乱等事被拖延到了将近中秋，很多事都要赶早，于是高官的自陈皆大举提前。
有明一朝之所以于京察中令四品以上官员及翰林院学士自陈并取自上裁，是因为四品以上官员，几乎全为大小九卿之官，平时即可立于朝堂之上与皇帝面议朝政，故皇帝对各官都有初步之了解。
另外，四品以上已属体尊之官，为显示对高官的尊重，亦不可使其与五品以下之中低级官员同堂受审。而翰林院众学士本身即为“清华之选”，且“官为学士，职在论思”，不必过多参与政务的处理；此外，学士与皇帝过从甚密，其行能如何必然为皇帝所知晓，故亦不需被吏部与都察院考察。
当然，实际上四品以上官和翰林学士的自陈，并非从来皆然，而是经历了一段时间的反复，方为定制的。
有关官员于京察中的自陈，在成化四年之前都没有相关之记载。成化四年方才有“两京大臣许令自陈休致”的记载，然此并非自陈之定制，只是在言官的建议下才间或行之，而且对所谓之“大臣”为何，也没有明示。
“弘治十年二月，吏部以考察京官，请会同都察院如例考察在京五品以下官……上从之。又以御史郑惟恒等奏，欲兼考大臣，请通行两京四品以上官，令自陈。上曰：两京堂上官不必自陈”。
可见直至弘治十年之时，大臣仍游离于京察之外，自陈仍不是京察的固定程式，即使言官奏请，皇帝亦不予采纳。到了正德四年时，才于行京察之诏书中有明确之规定：“堂上官四品以上令自陈”。自此，四品以上官员于京察中进行自陈方为定制。
与四品以上官由不自陈到遵例自陈不同，翰林院学士则经过了一个由被察之官转为自陈之官的过程。早在成化四年京察之时，时任掌翰林院学士柯潜便以本院属官“无事绩文案可考”为由，要求仅将本院属官公同内阁考察，并获得宪宗批准，然此年考察，翰林院属官无一降黜。
成化十三年也依成化四年之旧例。但或是因为翰林院会同内阁主持的京察效果不甚明显，弘治元年吏部开始参与对翰林院官员的考察。然此举却引起了翰林院学士的异议，弘治十年京察之时，掌翰林院学士杨守址向孝宗上疏：
臣与掌詹事府学士王鏊，俱当听部考察。但臣等各有属员，进与吏部会考所属，则坐堂上；遐而听考，又当候阶下。我朝优假学士，庆成侍宴，班四品上，车驾临雍，坐彝伦堂内，视三品，此故事也。今四品不与考察，则学士亦不应与。臣等职讲读撰述，称否在圣鉴，有不待考察者。
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