但情况并没有这么简单，九天后，李雨涵第二次入院。这次的原因是头晕。
第一人民医院再次接诊了李雨涵，她表现出了颈抵抗可疑，双侧巴氏征阳性，克氏征阳性的症状。脑脊液相关检查依旧未见异常，乳酸脱氢酶上升到了489UL，磷酸肌酸激酶805UL，α-羟丁酸脱氢酶489UL。
不知道是不是因为担心上一次诊断出了误诊，这次第一人民医院终于给她做了头颅MRI，检测显示，李雨涵的左侧顶枕叶脑回肿胀伴皮层异常信号——T1W1低信号，T2WT高信号，FLARI以及DWI图像上显示为高信号。
然而，第一人民医院经过院内会诊，依旧认定李雨涵患有病毒性脑炎。给与抗病毒、丙种球蛋白和甲泼尼龙冲击治疗。十天后，李雨涵病情好转出院。
当时她的家长为了确定孩子接受的是正确的治疗，半年后还带着她又做了一次MRI检查，结果显示她左侧头部的病灶有明显的缩小。
又过了半年之后，李雨涵十三岁的生日刚过，十一月天气转凉的时候，她再次出现了抽搐，而且这次情况更加严重。除了频繁抽搐以外，她还出现了昏迷的症状。
这次李雨涵的父母多了一个心眼，他们没有再选择去常宁市第一人民医院就诊，而是带着孩子，坐着救护车直奔宁远，来到了第二中心医院接受治疗。
二院查体后发现李雨涵有压眶微弱反应，认定她这是陷入了浅昏迷状态。同时查出了她有左侧巴氏征阳性，右侧巴氏征阴性，颈抵抗阳性症状。乳酸11.36mmolL，头颅MRI显示她的左侧病灶比起MRI复查的时候有略微扩大，而且右侧顶枕叶多发异常信号。同时还呈现出了弥漫性脑萎缩样改变。在确定了李雨涵有明显异常脑电图后，宁远二院诊断李雨涵患有急性播散性脑脊髓炎，症状性癫痫。给与了甲泼尼龙以及丙种球蛋白冲击治疗。针对癫痫，给予拉莫三嗪止惊治疗。好转出院后，二院的医生要求她继续口服泼尼松进行治疗。
在孙立恩看来，这是三次明显的误诊。
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