旬阳知县紧急召集两班衙役及地方团练五百多人，“邪教为害一方，人人得以诛之。”令众人按照刘松相好提供的地址，大肆搜捕混元教徒，
由于衙门出兵迅速，县城内的教徒100多人还没有来得及反抗，便全部被缉拿归案。旬阳知县为了避免夜长梦多，当天就以妖言惑众罪，将混元教徒全部捆上手脚，推下山崖摔死。
教徒遇害的消息传到刘松的教坛，刘神棍悲痛欲绝，“这下亏大了，其中的几个小相公细皮嫩肉的，比女人还女人，如今无法享用了。真是可惜。”
为了避免城外的大批教首、教徒再遭旬阳知县的毒手，刘神棍决定提前起事，按青、黄、蓝、白分号，设立掌柜、元帅、先锋、总兵等职，率领数万教徒，强攻旬阳县城。
旬阳知县率领士绅百姓殊死抵抗，坚持半月，终因弹尽粮绝，寡不敌众，旬阳被攻破，知县为避免受辱，与家人一起自杀。
狂热的混元教徒攻入城内，开始烧杀抢夺，将富商、官员、大户屠戮一空，无一户幸免。众贼所得的钱财，不计其数。很多人家的妇女，被玷污致死。大户杨半城的女儿杨九妹，遭到刘松、刘五兄弟的轮番蹂躏，杨九妹对二人恨之入骨，决定与刘松同归于尽，乘其不注意时，用杀猪刀刺向刘松。因为身单力薄，并没有刺中要害。刘松顿时发了狂，“来人，将这个骚货拉出去，给我点天灯。”
众贼一涌而上，把杨九妹的衣服扒光，用麻布包裹，放在茶树油油缸里浸泡半天，做成一支人油蜡。傍晚时分，刘松命人把杨九妹绑缚在大柳树上，拿过火把，从脚上点燃杨九妹。
杨九妹叫声撕心裂肺，“我生不能报仇，死必杀汝。”其状之惨，令人发怵。杨九妹怨魂之上九天，被远在昌平胡的大祭司看到。大祭司怒不可遏，祭起法旗，请上苍降罪于乱军。
当天晚上，天降大雪，厚雪堆积，坑谷皆满。乱军士兵很多被冻死。
更令人发指的事还有，有些混元教徒竟兽性大发，干出奸.尸的勾当！
因为天寒地冻，刘松的部下们百无聊赖，有人提议，“城南王家的小妾新死，陪葬品无数，不如发掘出来换酒吃。”众贼乐不可支，当即赶到城南王家墓地，当他们打开新坟后，看到的那女人虽然死了，尸体却保存完好，栩栩如生，如同刚刚睡着，众贼十分惊牙。
刘五色心大发，褪下女尸裤子，“纵然是她下了地狱，我也要干她一发。”
众贼哈哈大笑，以为趣事。
之后，刘五奸.尸成瘾，每到一处，便命人打开棺木，寻找艳尸享用。
刘五这么做，绝非他的独创，据《后汉书.刘盆子传》称：“凡贼所发，有玉匣殓者，率皆如生，故赤眉得多行淫秽。”
刘松教匪逆行倒施，很快传到周垣耳朵里。周垣对翁济世道，“上帝欲使其灭亡，必先使其疯狂。这群乌合之众，已经走上邪路，我我必擒之。”
翁济世说道，“教匪所为，如同禽兽。畏威而不怀德”
旬阳教匪暴乱很快引起了连锁反应，白河、勋西、当阳、竹山等地教匪暴乱接踵而起，或占据山寨，或占领县城，杀害官员士绅，强迫百姓入伍。一时间，嚣张的气势超过了甘陕一带的闯王高迎祥、老回回马守应的民军。
旬阳暴乱消息被汉中知府用800里加急的方式传至京师，时朱由检正在为满洲兵入寇、辽东军索要军饷的事发愁，闻听此事，一屁股瘫在地上，“又发生暴乱了，我他妈怎么那么倒霉？刚刚按下葫芦又浮起瓢。”命令陕西金州参将率军二万人前去镇压。不想金州参将无意中泄露行军路线，两天后，前往旬阳县剿匪的大军遭到教匪伏击而失败，金州参将战死。
一时间川陕、湖广震动。
朱由检勃然大怒，下旨对正在陕北剿匪的三边总督杨鹤声色俱厉的训斥一番，同时命令杨鹤迅速派兵剿灭川陕匪患。
三边总督掌管陕西、甘肃、延绥、宁夏军务，节制河西巡抚、河东巡抚、陕西巡抚以及甘、凉、肃、西、宁夏、延绥、神道岭、兴安、固原的九总兵。
杨鹤趁机奏请朱由检，加授周垣为昭武将军，任兴安总兵，驻守金州（金安康。金州管辖汉阴、平利、洵阳、白河、紫阳、石泉6县。杨鹤这么做，出于公心的同时夹带了一些私货。毕竟周垣是他的门生故吏。
昭武将军的大明朝正三品武官中最资深者。周垣的军功完全够了。昭武将军通常担任卫指挥使，统率5600人。大体上相当于今天的卫戍区司令，与地方的按察使同级，当今的副省级干部。
朱由检生性多疑，认为如果按照杨鹤的意思来办，显不出自己的权威，决定另辟蹊径，任命周垣为汉中同知，正五品，负责分掌汉中地方盐、粮、捕盗、江防、河工、水利以及清理军籍、抚绥民夷等事务。至于周垣的军队，则交给原兴安总兵张德。
刘松教匪叛乱，兴安总兵张德负有不可推卸的责任。现在朱由检不但不处罚张德，而且还要将猎豹师移交给他，让朝中文武官员丈二和尚摸不着头脑。
“简直是莫名其妙。”杨鹤对朱由检的做法感到哭笑不得，“就是三边总督不干，我也要保住猎豹师。”当下写密信给周垣，“可见机行事，绝对不能让他人去摘桃子。必要时，除去兴安总兵张德。”
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