战斗结束后不久，自来也碰见了长门、小南和弥彦。面对弥彦渴望学忍术的请求，自来也不顾纲手的反对，决定教给三个孩子忍术，他觉得这是命运的趋势。
之后自来也就留下来照顾三个孩子，他在雨隐附近找了个木屋，与三个孩子一起住了进去。第一次吃晚饭，自来也抓来了一条大鱼，用火遁之术烧鱼吃。弥彦说，“老师，我记住钓鱼的要诀了！”长门哭了，弥彦问他怎么了，长门说突然想起了家人。
弥彦拍了桌子，“不许哭，你是男人！就因为这样，雨隐的男人才会被人认为是胆小鬼！”自来也道，“包围雨隐村的三大国，现如今一直没有安定下来，这场战争不会持续太久了。等你们长大后，各国也会互相理解，这里也会和平……”
弥彦生气，“这些都是你的一厢情愿！我们大家的家人都被杀死了，如果要互相理解的话，让他们也尝尝相同的痛苦再说，这也算分担痛苦嘛！”弥彦的反应让自来也很吃惊，其实自来也也知道，和平在忍界本就是一种奢望。
弥彦道，“但是，我也明白这些是不可能的，所以战争无法消失。我讨厌下雨，这个国家一直在哭泣，是胆小鬼，我要改变这个国家，要保护大家！所以自来也老师，请你让我们接受忍术的修行。”
回到房间后，自来也想要写那本小说，但却想不出小说的主题。想起弥彦的话，自来也忽然有了灵感，“虽然主人公为了消除仇恨，希望能够为大家创造和平。但是该怎么做呢？”小南突然开门进来，“不好了，自来也老师，长门和弥彦……”
自来也急忙带着小南赶出来，来到外面不远处，看见一个岩忍倒在地上，长门和弥彦躺在两侧。自来也扶起弥彦，问起情况。原来，长门和弥彦出门时，遭遇了这个岩忍，岩忍让二人交出食物和钱财，弥彦不肯，然后长门突然失控了。
自来也认出那个死去的男子是岩隐村的中忍，“到底是如何被杀……”自来也看向长门，长门的轮回眼打开了。看到这双眼睛，自来也震惊万分，“这孩子，难道是……那个形状，波纹的模样，难以置信！那双眼睛是三大瞳术中最崇高的眼睛，轮回眼。”忍者的祖师是六道仙人，据说现存的所有忍术，都是这拥有轮回眼的仙人所创造出来的。
自来也认为长门就是乱世中上天派来的救世主，同时也被称为将一切归零的破坏神。自来也一直以为轮回眼是神话传说，没想到这个世上真会有轮回眼的人存在。想起大蛤蟆仙人的预言，自来也道，“难道说长门就是那个变革者……这也许就是命运的邂逅啊！”
在教给三个孩子学习忍术的过程中，自来也发现长门居然具有轮回眼，他想起了那条寓言，他的弟子将为忍者世界带来重大的变革。
之后，自来也决定传授忍术给那三个孩子，让他们能够在遭遇危险时自保。弥彦兴高采烈，向长门谢过上次的救命之恩，“我说你是胆小鬼，真是抱歉了。如果以后发生什么事情，下次就是我来救长门你了。”长门道，“谢谢你，弥彦。”小南笑道，“是吗？可是长门比弥彦厉害哦！”弥彦不满，“可是通过接下来的修行，我就能变强了。小南，你的话太多了！”
自来也宣布修行开始，首先教授三人查克拉的凝聚方法。当天晚上，自来也发现长门独自在门外哭泣，就过去询问。长门说的是杀死岩忍的事情，当时弥彦被打伤，长门很愤怒，脑子变得一片空白，处于忘我的状态，等长门回过神来，岩忍已经死在地上了。之后长门很害怕，“怀着仇恨，失去自我的我，把对方给……这种做法是不对的。其实还有更好的方法……”
自来也道，“长门，我也不知道你的做法是否正确，但多亏了你，弥彦才活了下来。你保护了朋友，所以你的做法应该没有错，大家都不会怪你的。一旦被伤害就会记住仇恨，伤人同样也会遭人怨恨，同时也受到良心的谴责。但正是因为这种痛苦，今后才能以宽大的胸怀待人。这就是人类啊！”长门问道，“这是什么意思？”自来也大笑，“这就是成长啊！”长门再问，“成长是什么？”自来也道，“就是自己去思考该怎么做。”
长门说起自身的遭遇，他和小南在饿得无路可走时，弥彦救了他们两个，为此他不惜去偷别人的食物。长门道，“我只想保护他们两人，无论承受何种痛苦。”自来也很满意，“这样啊！”
受到弥彦和长门的感染，自来也在教授三人忍术的时候，终于开始了小说的创作，那本小说是自来也的第一本小说，题目就叫做《坚强毅力忍传》，也就是根性忍传。三个弟子各有特色，弥彦精通水遁忍术，把水遁用的出神入化。小南使用纸遁（秘术，非血继限界），变化成各种兵刃和暗器，威力强大。长门出乎意料地精通五遁忍术，这跟猿飞日斩是同样的奇迹，自来也对长门最为上心。
3年后，为了测试三个弟子的修行成果，自来也与三人对战。在大雨波涛中，弥彦发动忍术，“水遁，水乱波！”小南射出了纸手里剑，长门结印，“风遁，烈风掌！”三人配合出击，击溃了自来也的影分身。看到昔日的三个孩子已经变成了少男少女，而且已经出师，自来也道，“这样我就能放心回村子去了。从今往后，一切要靠你们自己了。这3年来，你们都很努力呢！”
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