崇祯下令逮捕袁崇焕之后，并没有要将他置于死地的意思，辽东总兵祖大寿、守备何可纲闻袁崇焕被抓拥众出走山海关，让崇祯皇帝十分震怒惊恐，怎么武将都是薛云那样的骄横悍将，崇祯皇帝对袁崇焕起了杀机。
袁崇焕下狱后的第五天，御史高捷即疏劾：“钱龙锡与袁崇焕相倚，钱龙锡是袁崇焕“诡计阴谋发纵指示”者，是祖大寿敢于率兵出走“挑激之妙手””。
钱龙锡一疏再疏申辩：“崇焕初在城外，阁中传奉圣谕、往来书札，多从城头上下，崇焕既拿之后，孰敢私通？祖大寿两重严城，谁能飞越，施挑激之妙手？”言高捷话有很多不实诬陷之词。
但高捷继续弹劾弹劾道：“袁崇焕罪案已明，臣不必言。独钱龙锡，不胜伤心之痛。前逮袁崇焕时，大寿口不称冤，后即飚去，此非崇焕、龙锡排激之哉崇焕之杀毛文龙也，龙锡密语手书：钱龙锡曾说过，‘用之则用，不用则去之’等语。又，崇焕与王洽书，言建虏欲求和，庙堂之上，已有人持此主张，主张之人，非龙锡而何因此，毛文龙之死，足乃崇焕效提刀之力，龙锡发推刃之得也。皇上逮崇焕时，崇焕口不称冤，龙锡皱眉疾首，不胜伤心之痛”
锦衣卫查出袁崇焕私下跟建虏议和书简十封，当锦衣卫掌印官刘侨以斩帅、议和二事审问袁崇焕时，袁崇焕把“斩帅”、“议和”二事的责任全由自己承担，不牵涉大学士钱龙锡和兵部尚书王洽，大明一朝天子守国门，袁崇焕私下议和已是罪在不赦。
其后崇祯皇帝让袁崇焕写信招回祖大寿，孙承宗也遣使抚慰祖大寿、何可纲等，祖大寿等辽东军请立功赎袁崇焕之罪，崇祯皇帝许之，祖大寿便率辽东军又回到了关内，不过崇祯对袁崇焕的威势以不能再忍，只是对祖大寿、何可纲、吴襄等虚于应付，待北京城平安后，随时准备置袁崇焕于死地。
这段时间崇祯皇帝基本上没有得到过什么好消息，王承恩的话不幸言中，京营总兵王朴没有能够接手大同勤王军的兵权，而且大同军几路人马都没有奉旨，随后大同军从昌平消失，把王朴那一千人孤零零的留在了昌平城，崇祯皇帝大骂王朴无能废物。
还没有等崇祯皇帝把脾气出够，在天下勤王兵马中，除宣府勤王大败不成气候，保定、河南、山东还远在北直隶南部，而山西巡抚耿如杞与总兵张鸿功率五千人赴援。军队曾有令曰：“卒至之明日，汛地既定而后给饷。”山西援兵既至，今日令守通州，明日调昌平，后日又调良乡，驻地累更，三日没有给军饷，军队发生哗变，多肆剽掠京城周边市镇，事发后耿如杞、张鸿功被捕入狱，四方勤王援兵以缺饷故，恐步耿如杞、张鸿功后尘，更是互相观望畏缩不前。
崇祯皇帝还得到一个迟来的消息，就是建虏在薛庄跟薛家人打了近半月，据从永定门传回来的消息，薛庄庄外建虏伏尸上万，五天前建虏就没有再进攻薛庄了，崇祯皇帝想不明白，一个小小的薛庄居然有如此强大的战斗力。
同样没有想明白还有建虏皇太极一伙，怎么一个小小薛庄会如此难攻，
岳托、济尔哈朗联军作了一些攻寨准备，战斗是十二月初一日开始的，建虏联军人马达到了三万五千多人，岳托攻西面、南面，济尔哈朗攻东面、北面，第一轮进攻采取的是四面围攻，出动蒙古、汉军一万多人，战术目的是填平薛庄的护寨沟。
不过薛庄响起的炮火让建虏瞪目结舌，薛庄寨墙是炮火连天，岳托估计薛庄有大小佛郎机百门以上，最恐惧的北面寨顶的几十门火炮，因为地势较高，火炮打得非常远，岳托在离薛庄七八里的地方，还感受到火炮的威胁，胆寒之下退至十里之外，岳托倒是安全了，可是进攻的军队见了士气大受影响。
建虏第一轮进攻在薛庄护寨沟前留下了近千具尸体，一个时辰后，推着大型攻城车的蒙汉士兵，再次开始对护寨沟填土，薛庄施以火炮轰击，半个时辰轰烂二十多辆攻城车，藏在攻城车后的蒙汉士卒伤亡惨重，面对薛庄薛家军的炮火，岳托、济尔哈朗采取了忽进忽退，灵活机动的填土方法，士卒的伤亡大大下降，可是填土的进度也缓慢了下来。
第一天建虏付出了一千六百人的伤亡，损失四十多辆攻城车，以及一大批战马甲仗，成绩就是勉强填出了三条能够一人行走的小道，晚上岳托、济尔哈朗、李永芳、蒙古扎鲁特部吉喇西、敖汉部长索诺木杜棱、奈曼部长衮楚克等首领商量一阵，没有什么特别好的办法，决定明天还是继续填土，按照李永芳的提议，攻城车停留一处的时间还要大幅度缩短。
十二月初二日，建虏出动一百一十七辆攻城车，参战士卒达到一万八千人，先后组织了十八次填土，取得了填平三十处护寨沟的成绩，但是付出了三十一辆攻城车和八百士卒的伤亡，严重的是济尔哈朗靠近薛庄东寨墙指挥，战马挨了一火炮，整个马胸被打得血肉模糊死掉，济尔哈朗左脚中了几粒铁沙子，济尔哈朗估计没有一两个月是无法骑马打仗了。
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