可以说，从淞沪战场溃败开始，南京政府才彻底慌了手脚，蒋介石这时候终于下定决心迁都武汉，不过南京作为一国首都，一枪不放就撤实在说不过去，只能硬着头皮在南京跟日本人干一仗。
中央军的这些将领们，也没有一个是笨蛋，谁都看得出南京就是一块死地，老蒋的这个令谁也不敢接，这些人要么是党国元老，要么是黄埔一系，即使没有“守卫国都”的功劳，以后的仕途也不愁。所以，当蒋介石费尽心力地在他的众多“学生”中寻找得力干将时，是点着谁都觉得不合适。
唐生智以前是湖南军阀，北伐军打过来的时候，他临阵倒戈，成为功臣，这时候是国军陆军二级上将，军衔倒是挺高，却只能在军委会里面任一个闲职，他一直希望能有个机会重新掌握兵权，对保卫南京的事情虽然束手无策，却为了自己能够加官进爵，在老蒋面前夸下海口：“誓死保卫南京城。”
这一下子不要紧，蒋介石立马“感动”了，没想到这个唐生智关键时刻还能挺身而出，正准备任命他为南京卫戍司令的时候，谭晓琳也跑来抢南京卫戍司令一职，把唐生智给气得七窍生烟。
老蒋总算等来了他想要的大将，他也知道南京这一战很困难，唐生智想都不想就敢随便许诺也是靠不住，谭晓琳就不一样了，虽然她是女人，上淞沪战场之前中央军各级军官也是对她各种质疑，但是第6集团军在上海血里火里滚过几遭下来，再也没有人敢轻视这个个字不高的女将军，她的军事指挥能力毋庸置疑。另外，蒋介石更信任谭晓琳的另一个原因，就是如果没有东方云明默许和支持，谭晓琳是绝对不会主动去接南京这个烂摊子的。
随着南京卫戍任务落在谭晓琳的肩上，整个中国军队的高层也同时进行了大规模的“洗牌”，蒋介石新成立了华东战区，授予谭晓琳战区司令的职务和陆军上将军衔，还授予了东方云明“战时最高军事委员会”副委员长的职务，将东方云明的军衔晋升为国民革命军空军一级上将。
东方云明也依照宋庆龄和李济深的建议，为了更好地整合全国的抗日武装力量，宣布取消西南民主联合军的名称，原有的西南军部队全部并入国民革命军，一律服从战时最高军事委员会指挥，宋美龄、周至柔等人组织的防空委员会下属的防空部队则并入空军，防空委员会取消，宋美龄不再担任军队任何职务，周至柔改任为空军副总司令。
与西南军同时取消的还有西南特别行政区，西南特区裁撤，由西南行政公署取代，行署主任李济深，西南行署管辖云贵川缅四省，青海、甘肃、陕西和宁夏地区另外隶属于西北行署，行署主任杨虎城，副主任马仲英。另根据行政院决议的民族区域自治原则，成立西藏自治区和新疆自治区，分别由九世班禅额尔德尼•曲吉尼玛和盛世才任主官。不过，明眼人谁都看得出来，九世班禅是倾向于西南行署的，中央的命令可以不听，只有东方云明、李济深、宋庆龄和叶恭剑的话才管用，盛世才就更不用说了，他一心就想做自己的“新疆王”，不管是南京、延安还是成都，凡是不合他胃口的他都不会听。原来的西南特区的外务厅并入民国外交部，宋庆龄兼任行政院副院长和外交部长。
这一次中国军政机关的大规模变革，肯定是带来了不少的混乱和麻烦，不过应该说，对于抗日民族统一战线的长远未来是相当有益的，按照原来的格局，西南军装备精良、训练有素且战力强悍，地理位置却处于大后方，去前线需要经过铁路和长江的长距离运输，还要防备中央军眼红而黑掉那些先进的武器装备，而中央军和各地方军阀也是对西南军千般防备，生怕这样一支虎狼之师占着自己的地盘不走了。
军政首脑的大洗牌，使得谭晓琳这个出身西南陆军的华东战区司令没有后顾之忧，放开手脚给进犯南京的日军慢慢挖坑。
原来的西南陆军第6集团军在淞沪战场上血拼之后，伤亡达到50%（轻伤员占大部分），经过南京的休整、轻伤员归队、陆航旅调离之后，人数也就差不多只有3万人，接下来的恶战，为了保证部队的基础战斗力，谭晓琳决定暂不向该集团军补充新兵，而是将该集团军缩编为军，军委会批复的番号——国民革命军第78军，原来的集团军副司令兼28军军长杨汉域改任78军军长，原西南军68师师长刘元瑄升任78军副军长，另外，东方云明从耿继辉的A兵团参谋部抽调了一个大校军衔的副参谋长赵政文，到78军任参谋长，原来暂时由第6集团军指挥的陆航旅，现在由华东战区直属，指挥官还是曲比阿卓不变，原来的集团军参谋长沈兰妮调回成都，另指派第22集团军（原西南第8集团军）代理司令孙立人为华东战区副司令。
至于战区的参谋长，张治中上将，这一点着实令人大跌眼镜，老蒋也是脸上实在挂不住了，那么多中央军的二级上将、一级上将都不敢任战区军事主官，结果战区的正副军事主官全部由西南军给顶上了，西南军的形象在南京人民的心目中再次上升了一个高度，而中央军几乎成了胆小、懦弱的代表，张治中作为中央军校的教育长，不管是为了黄埔精神还是为了蒋校长的面子，他选择挺身而出，正好还可以借此学习一下西南军的战略战术。
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