日军为了防御旅顺要塞，特地从各个师团选调精锐，编成了旅顺要塞驻屯军，由陆军大将大山岩担任司令，大山岩是日本陆军元老，1885年的时候曾经担任过日本陆军大臣，也就是陆相，在甲午战争之时，他指挥日本第二军在金州、大连一带登陆，并围攻旅顺。
在攻克旅顺之后，大山岩纵容部下对旅顺展开洗劫，发生了震惊世界的旅顺大屠杀，旅顺大屠杀虽然发生，可是大山岩却认为，对旅顺进行屠杀不算什么，是完全正常和恰当的。
日本旅顺要塞驻屯军总共有三万人，要塞中囤积的粮食，足够三万人吃上五年，这么多粮食，日本只囤积了一小部分，大部分都是清军当年囤积的，清军在弃守旅顺要塞之后，把这些粮食全都留给了日本人，没有一个人想到烧毁这些粮食。
值得一提的是，日本人在旅顺要塞中囤积了大量黄豆，日本人之所以要囤积黄豆，也是有独到考虑的，要塞防御作战，常常要坚持很长时间，几个月、甚至是几年，在这种情况下，蔬菜会变得极其匮乏，因为蔬菜容易腐烂，难以长时间保存，而人体是不能缺少蔬菜的，缺少蔬菜，会让人体极度缺乏维生素，导致败血病的发生，严重的可以导致死亡。
这一点在世界战争史上有前车之鉴，林飞时代日本围攻旅顺要塞的战役，打到最后，被围困了将近一年的俄军缺乏维生素，非战斗减员极其严重，最终不得不向日本投降，投降之后第一件事情就是向日本人讨要蔬菜和水果吃。
日本打开俄国人的粮仓一看，当时就笑了，因为里面满满的都是黄豆，如果那些俄国军官能有一个，拥有华夏农民的智慧，把黄豆发成豆芽，就不会缺蔬菜了。
日本文化启蒙于华夏，农业文化更是如此，他们当然知道用黄豆发豆芽的法子，因此囤积了大量黄豆。
日军囤积好了粮食，要塞工事也进行了精心加固，日军对要塞工事进行了别出心裁的改进，并把这些工事命名为“叹息之壁”，意思是无论是谁，来到这些工事面前都只能叹息。
日军这种防御工事由高低不同的三层组成，最后一层，也就是第三层，最高，高出地面十五米，上面每隔三百米部署一门火炮，火炮一部分是日军自己的，更多的是清国的，这层工事主要负责远距离杀伤敌军，由于火炮的布设位置高处地面十五米，所以杀伤距离高达三千多米，只要有敌军进入靠近工事三千米的距离，就会遭到火炮的沉重打击。
第二层防御工事位于最后一层工事下方，高出地面七米左右，这一层主要是步兵在防御，装备马克沁重机枪，杀伤距离高达一千多米。
最后一层防御和第二层防御，可以从三千米之外杀伤敌军，这基本上断绝了敌军步兵夺取要塞的可能，训练有素的士兵跑过三千米的距离需要十三分钟时间，跑过一千米距离需要四分钟时间，而且这样跑是全力跑，不留一点体力给后续战斗，战场上绝对没有人这样跑，所以真实战场上需要的时间更长。
这么长的时间，多少敌军都被杀光了，更何况日军工事前面的空地上还布设了大量铁丝网、鹿角，让步兵的冲锋更加困难。
这两道防御工事已经够让人“叹息”的了，日军还嫌不够，又准备了第一道防御工事，这第一道工事更加凶狠！
第一道防御工事，是一条宽三十米，深十米的壕沟，敌军步兵冲过来，只能先进入壕沟，再向后面冲锋，壕沟在战场上很常见，可是日军这道壕沟，却和别人不同，别人最多在堑壕下面埋设*、尖竹签，而日军在壕沟下面，布设的是堡垒。
壕沟下面，每隔一百米布设一座堡垒，堡垒有向上射击口，敌军士兵只要敢从上面下来，就会被堡垒里的火力杀伤。
这三道防御工事极其坚固，日本自从1895年攻占旅顺之后就开始经营，到现在已经有五年多的时间，终于把这条“叹息之壁”修筑完毕，修筑的时候，强征了大量清国百姓，用刺刀和皮鞭威逼清国百姓为他们干活，死的清国百姓超过五千人，尸体都被日军喂了狗，林飞虽然知道这件事情，可是并没有重视，也没有干涉，这也成了日后反对派用来攻讦林飞的重要借口。
俄军在面对这条防御工事的时候，硬是没敢靠近一步，连一次试探性的攻击都没有。
林飞深知攻克旅顺要塞的难度，他从山东调集六万军队，围困旅顺要塞，这些军队都是从清国招募来的新兵，林飞在占领清国各地之后，就在当地招募兵员，组建部件，这些部队由华夏军派人担任军官，清国百姓当士兵，部队番号以部队所在地省份开头，后跟“师”等编制，比如说山东的部队，就以“山东第一师”“山东第二师”为编号，这六万人，编成了三个师。
这些新兵主要负责围困旅顺要塞，割裂旅顺要塞与其他部分日军的联系，真正的要塞攻坚部队，林飞决定交给常设主力师。
华夏帝国大多数常设主力师都在清国，所以林飞派出了驻守苏门答腊岛的主力师，第十三师和第十四师，两个师共计三万人。
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